1.傳染病和害蟲。糞便中含有大腸桿菌和線蟲等害蟲，導(dǎo)致病蟲害和農(nóng)作物病害的傳播，也影響食用農(nóng)產(chǎn)品的人體健康。未成熟的有機(jī)物在土壤中發(fā)酵時(shí)，容易滋生病菌和害蟲，這也導(dǎo)致植物病蟲害的發(fā)生。

2.發(fā)酵和燃燒幼苗。將未發(fā)酵的生糞肥施入土壤后，當(dāng)發(fā)酵條件滿足時(shí)，生糞肥開始發(fā)酵。如果發(fā)酵地點(diǎn)靠近根部且作物植株較小，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會(huì)影響作物生長，甚至導(dǎo)致植物死亡。

3.有毒氣體的危害。分解過程中會(huì)產(chǎn)生甲烷、氨和其他有害氣體，對(duì)土壤和作物造成酸損害和根部損害。

4.土壤缺氧。有機(jī)物在分解過程中會(huì)消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時(shí)處于缺氧狀態(tài)，從而抑制作物的生長。

5.肥料利用率低。未發(fā)酵和分解的有機(jī)肥中的養(yǎng)分大多是有機(jī)的或緩效的，不能被作物直接吸收和利用，只有分解轉(zhuǎn)化才能被作物吸收和利用。因此，不經(jīng)發(fā)酵直接施用降低了肥料效率。

6.環(huán)境污染。農(nóng)場(chǎng)使用直接施用來消耗糞便，糞便也可以在作物施肥的高峰期處理掉；在施肥的淡季，糞便無人照管，因此不得不堆積起來，肥料的效率就喪失了，這就污染了環(huán)境和地下水資源。

7.使用不方便，效率低。未經(jīng)處理的糞便難以運(yùn)輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機(jī)質(zhì)長期轉(zhuǎn)化為腐殖質(zhì)，養(yǎng)分流失嚴(yán)重。